アクティブディレクトリのインストールについて

現在、Windwos Server 2008 にアクティブディレクトリをインストールすることを検討しています。 アクティブディレクトリをインストールするとそのサーバーのOSの設定が初期化されてしまう（OSが再インストールされ結果として設定が初期化されてしまう）といった話を聞いた事があるのですが、その通りなのでしょうか？ご存じの方がいらっしゃったら教えてください。