サーバは普通ログインしておくものなのですか？

私は、家でのネットワークの管理を任されているものです。現在WHS2011を運営していて、なかで仮想PCを動かすためにVMware Player with VIXでnoguiで動かしています。 私の環境ではどうもスタートアップスクリプトがうまく実行されないのでスタートメニューのスタートアップにショートカットとして登録しています。 ここで質問なのですが、ログオンしないとそのコマンドが実行されないので自動ログオンにしているのですが、よくないものなのでしょうか？ よくない時は、対処法も教えていただけると助かります。よろしくお願いします。